結核菌經肺部吸入傳染，因此預防泌尿系結核的根本措施是預防肺結核。自1921年將卡介苗作為預防結核病的措施以來，在全球已有300億人接種了卡介苗，但大量的實踐證明，卡介苗主要是預防兒童的粟粒性肺結核及結核性腦膜炎，對成年結核病控制效果有限，因此，1995年WHO發表聲明指出卡介苗復種沒有科學依據，不提倡復種。我國衛生部于1997年決定停止推廣卡介苗復種工作。部分結核病控制較好的發達國家，已停止卡介苗接種。近年來國內外對短程聯合化療預防研究工作取得了良好的進展，對高危人群，如家庭接觸史，HIV感染者，結核菌素試驗強陽性者，臨床上高度懷疑泌尿、男生殖系結核者，可采用利福平、異胭肼或利福平、吡嗪酰胺2~3個月的方案進行藥物預防。耐藥及多藥耐藥結核菌的出現使結核病的控制變得更為困難，這類患者的預防方案需根據檢測傳染源分離菌的藥敏試驗結果而定。可能需采用利福平和乙胺丁醇或利福平和有效的喹喏酮類抗生素連用6~12個月的方案。研究DNA新菌苗，開發新的有效抗結核藥物，如新利福霉素長效衍生物利福噴丁和利福布丁，改進用藥劑型及途徑如透皮控釋貼劑和植入型緩釋劑將成為結核病預防的主要手段。