臨床常見的性病有淋病、性病性淋巴肉芽腫、非淋病性尿道炎、梅毒、尖銳濕疣、生殖器皰疹和軟下疳等等。
迄今未見，安全套有特效防止任何一種性病的報道;尤其是它對人類乳頭狀瘤病毒(HPV)。因為疣疹、皰疹是由終身潛伏在人體內濾過性病毒造成的，亦可在非性行為交往中傳播。
在性活動中，病毒也可能通過性器官接觸，如陰囊接觸女方會陰、肛門一帶的病損處而感染，肛交、口交以及其他部位的皮膚、黏膜接觸也會傳染，即使使用安全套，它也不能完全覆蓋所有病損的部位。
因而，其他部位的潰瘍也會造成傳播，何況還有肉眼看不到的水皰等病灶，也可能把病毒傳給性伴侶。當然其他非皰疹性病變也會通過這種方式傳播。
近幾年來，女性性病病人的數量上升較快，現在男女性病病人的比例已經達到1.4：1。
有文獻報道，歷史證明安全套不能完全勝任預防性病感染的使命。安全套文化的來到，無法減少性病的流行，因靠安全套保險而喪失了警惕性，反而使其惡化。
曾患性病或現在患性病還應注意：
進行腫瘤的相關檢查：尖銳濕疣、生殖器皰疹有時會誘發陰莖癌、宮頸癌、肛門癌，愛滋病常并發卡波氏肉瘤。
有無其他嚴重并發病：淋病和非淋菌性尿道炎治療不及時會引起腹膜炎、輸卵管積膿和盆腔膿腫。生殖器皰疹有時會引起尿道狹窄。
梅毒不僅侵犯皮膚及黏膜，還侵犯渾身臟器，如心血管梅毒引起主動脈炎、主動脈閉鎖不全、主動脈瘤、冠狀動脈狹窄，神經梅毒可引起脊髓癆及進行性麻痹癡呆。倘若已經明確是以上這些類型的疾病就應注意進行相關的檢查。