脊柱結核需要和很多其他疾病相鑒別，如強直性脊柱炎、腰椎間盤突出、髖關節周圍疾病、膽囊炎等，但在臨床上，某些疾病與其鑒別比較困難。
1)脊椎化膿性炎癥
發病前，病人多有皮膚等其他部位感染的征象，多驟起、體溫高，中毒癥狀明顯。X線攝片椎體可見骨質破壞，椎間變窄，常有死骨形成，多無膿腫形成。
2)扁平椎體
多見兒童，表現背痛、后凸畸形、脊柱運動受限，無全身癥狀，本病常見的有椎體嗜酸性肉芽腫和骨軟骨病。X線攝片顯示椎體呈楔形變，可殘留一薄片，而相鄰椎間隙正常，椎旁兩側少見膿腫陰影。
3)脊椎腫瘤
在中心型椎體結核椎，椎間隙多無明顯改變;而某些生長緩慢的腫瘤如脊索瘤和惡性淋巴瘤等卻可顯示不同程度椎間狹窄。通常椎體結核病例，椎旁陰影擴大多為雙側，而脊椎腫瘤如椎體骨巨細胞瘤、脊索瘤、惡性淋巴瘤和腎癌脊椎轉移等，在正位X線攝片上多為單側擴大椎旁陰影。