甲減起病隱匿，病程較長，很多患者缺乏特異性癥狀和體征，主要表現以代謝率減低和交感神經興奮性下降為主。 由于甲狀腺激素缺乏可影響全身各個系統，因此甲減時全身各系統均有改變。甲狀腺本身可以萎縮或腫大，部分原發性甲減患者如未得到及時治療，可出現垂體增大，治療后可恢復。
1.皮膚：皮膚干燥、真皮粘多糖浸潤，體液儲留。重者可出現粘液性水腫。
2.消化系統：代謝減低，體重增加。味覺差，胃粘膜萎縮，胃酸分泌減少。三分之一胃壁細胞抗體陽性，惡性貧血約占10%。胃腸蠕動減弱，便秘。
3.心血管系統：心肌收縮力下降，心輸出量下降，活動耐量減低。重者可出現心力衰竭、心包積液。
4.呼吸系統：低通氣，睡眠呼吸暫停。
5.血液系統：正細胞、正色素性貧血，血球壓積下降。
6.神經系統：表情淡漠，反射時延長。
7.生殖系統：生育力、性欲下降。婦女月經紊亂或月經量多。
8.其他內分泌系統：甲減-原發性腎上腺功能低下(Schmidt綜合征)。垂體性甲減。
9.其他表現：各種中間代謝低下，酶清除減少，膽固醇，甘油三脂，低密度脂蛋白、肌酶等濃度增高。如合并糖尿病，則糖尿病病情相對減輕，胰島素和口服降糖藥用量減少。