現代醫學認為，口腔潰瘍病因首先與免疫有著很密切的關系。有的患者表現為免疫缺陷，有的患者口腔潰瘍癥狀表現為自身免疫反應，也就是由于各種因素，使人體正常的免疫系統，對自身組織抗原，產生免疫反映，而引起組織的破壞而發病。
其次
口腔潰瘍還與遺傳有關系，在臨床中，復發性口腔潰瘍的發病，有明顯的家族遺傳傾向，我們常常看到，父母一方或多方若患有復發性口腔潰瘍，那么，他們的子女就比一般人更容易患病，也會出現不同程度上的口腔潰瘍癥狀表現。
另外
復發性口腔潰瘍癥狀表現發作時，常常還與一些疾病或癥狀有關，比如消化系統疾病胃潰瘍，十二指腸潰瘍，慢性或遷延性肝炎，結腸炎等，另外貧血，偏食，消化不良，腹瀉，發熱，睡眠不足，過度疲勞，精神緊張，工作壓力大、月經周期的改變等等。
隨著一種或多種因素的活躍、交替、重疊就出現機體免疫力下降，免疫功能紊亂，也就造成了復發性口腔潰瘍的頻繁發作，導致口腔潰瘍癥狀表現不同程度的出現。