尖銳濕疣可以并發惡性變，流行病學資料表明，尖銳濕疣與生殖器癌之間有密切關聯，有報道說明5%~10%的外陰，宮頸，肛周濕疣經過較長時期后可出現癌變和發展為原位癌和浸潤癌，還發現15%陰莖癌，5%女性外陰癌是在原有尖銳濕疣的基礎上發生的，許多實驗研究也證明HPV，尖銳濕疣和生殖器癌三者之間是存在著因果關系的。

　　尖銳濕疣應與下列疾病想鑒別：

　　1.絨毛狀小陰唇又名假性濕疣，好發于年輕女性的小陰唇內側，陰道前庭和尿道口周圍，呈對稱密集分布的直徑1～2mm白色或淡紅色小丘疹，表面光滑，有些可呈絨毛狀，魚子狀或息肉狀，無明顯自覺癥狀，偶有瘙癢，醋酸白試驗陰性。

　　2.珍珠狀陰莖丘疹皮疹位于龜頭的冠狀溝緣部位，可見珍珠狀，圓錐狀或不規則形的白色，黃白色或膚色丘疹，可為半透明，表面光滑，質較硬，丘疹間彼此互不融合，沿冠狀溝規則地排列成一至數行，醋酸白試驗陰性。

　　3.皮脂腺異位癥龜頭，包皮內或小陰唇等部位可見粟粒大小，孤立而稍隆起，成群或成片的黃白色或淡黃色丘疹，無自覺癥狀，組織學特征為每個丘疹均由一組小的成熟的皮脂腺小葉組成，小葉包繞皮脂腺導管，醋酸白試驗陰性。

　　4.陰莖系帶旁丘疹性纖維瘤為對稱發生于陰莖系帶兩旁的白色或黃白色的粟粒大小的丘疹，單個或數枚，質軟，表面光滑，互不融合，根據病史以及醋酸白試驗陰性可與尖銳濕疣鑒別。

　　5.光澤苔蘚為發生于陰莖干部位的，發亮的多角形或圓形的平頂丘疹，針尖至粟粒大小，可密集分布但互不融合，其病理學改變具有特征性。

　　6.扁平濕疣屬二期梅毒疹，為發生于生殖器部位的丘疹或斑塊，表面扁平而潮濕，也可呈顆粒狀或菜花狀，暗視野檢查可查到梅毒螺旋體，梅毒血清學反應陽性。

　　7.鮑溫樣丘疹病皮損為灰褐色或紅褐色扁平丘疹，大多為多發，呈圓形或不規則形，丘疹表面可呈天鵝絨樣外觀，或輕度角化呈疣狀，男性多好發于陰莖，陰囊和龜頭，女性好發于小陰唇及肛周，一般無自覺癥狀，組織病理學檢查有助于鑒別。

　　8.汗管瘤表現為小而硬固的膚色或棕褐色丘疹，直徑約數毫米，多發，通常無自覺癥狀，組織病理學檢查可確診。

　　9.生殖器鱗狀細胞癌多見于40歲以上者，損害為腫塊或斑塊，浸潤明顯，質堅硬，易出血，常形成潰瘍，組織病理學檢查可確診。

　　10.假性濕疣：損害為局限于小陰唇的粟粒大呈魚卵狀淡紅色小丘疹或絨毛狀改變，皮損表面光滑，醋酸白試驗陰性，病理上無具有診斷意義的凹空細胞。