主要根據以下幾點：
1. 部位及分布 假性濕疣主要發生于女性小陰唇，特別是小陰唇內側和陰道前庭，呈對稱密集分布;尖銳濕疣發生于外陰、陰道、宮頸、肛周，常見兩個部位同時發生，一般不對稱。武漢協和醫院皮膚性病科劉厚君
2. 皮疹特點 假性濕疣為直徑1-2mm的淡紅色或白色丘疹，表面光滑，呈絨毛狀或魚子狀外觀，有時可呈息肉狀小丘疹，可長期存在，一般長期無明顯變化;尖銳濕疣皮損初起為小而柔軟的淡紅色疣狀丘疹，逐漸增大增多，可呈丘疹，角化性斑塊，乳頭樣或菜花樣、雞冠樣贅生物，根部往往有蒂，有的甚至融合成較大的團塊。易發生糜爛，滲液，帶惡臭。顏色從粉紅到灰白色。在干燥部位的疣體常較小，呈扁平丘疹，在潮濕部位往往呈乳頭樣或菜花樣。
3. 醋酸白試驗 假性濕疣為陰性;尖銳濕疣一般為陽性。
4. HPV DNA檢測 假性濕疣為陰性;尖銳濕疣一般為陽性。
5. 病理檢查 有各自的特點。
有經驗的醫生一般根據臨床特征即可區別二者，不典型時可做檢查。