男性不育的發病原因復雜，很多疾病或因素均可導致男性不育。根據精液檢查的結果，可分類為無精子癥、重度少精子癥、少精子癥、精子數正常性不育癥、多精子癥以及精子無力癥等。
一般而言男性不育癥的病因有：
1.染色體異常 常見的有男性假兩性畸形、Klinefelter綜合征和XYY綜合征，46XY/47XXY等染色體異常致睪丸生精障礙。
2.內分泌疾病 下丘腦功能障礙，如Kallmann綜合征，主要是促性腺激素釋放激素缺乏;垂體功能障礙，如選擇性黃體生成素(LH)缺陷癥和尿促性素(FSH)缺陷癥、高泌乳素血癥等。腎上腺皮質增生癥可抑制垂體分泌FSH、LH，導致不育。
3.生殖道感染 如前列腺炎、附睪炎、睪丸炎、尿道炎，嚴重者影響男性的生育能力。
4.輸精管道梗阻 先天性和后天性的梗阻均可以影響精子的輸送而致不育。
5.睪丸生精功能異常 隱睪、小睪丸、無睪、病毒性睪丸炎、精索靜脈曲張，毒素、磁場、高熱和外傷等理化因素皆可引起睪丸生精障礙。
6.精子結構異常和精漿異常 可影響精子的運動、獲能和頂體反應等。
7.免疫性不育 男性自身產生的抗精子抗體和女性產生的抗精子抗體均可影響精子活力及對卵子的穿透力。
8.男性性功能障礙 勃起功能障礙、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。
9.藥物因素：常見的有西咪替丁、柳氮磺吡啶、雷公藤、螺內酯、呋喃妥因、尼立達唑、秋水仙素、各種激素類藥物和癌癥化學治療藥物如某些烷基化合物，常能導致暫時或永久的對精子生成的損害。
10.手術因素 如尿道瓣膜手術、尿道梗阻施行的膀胱頸部切開術、腹膜后淋巴結清除術或較大的腹膜后手術，均可能引起逆行射精或射精障礙，導致不育。
11.不良的生活習慣和工作因素 長期穿緊身褲、嗜煙和酗酒、接觸有毒物質、頻繁的熱水浴、房事不當或過頻、經常長途和過度勞累地騎自行車和放射線損害等。
12.其他 纖毛滯動綜合征，表現為病人在兒童時期就患有慢性呼吸道疾病，成年后其精子尾部纖毛異常，精子向前游動的能力弱。