甲的顏色異常是灰指甲的一個重要臨床表現，灰指甲患者甲可出現黃色、白色、黃綠色、淡綠色、棕綠色、淺灰綠色、棕色、灰色、黑色等顏色，根據甲呈現的顏色改變可以基本判斷甲感染的真菌菌種。
皮膚癬菌常會感染甲板，導致灰指甲的甲板呈黃色，非皮膚癬菌的霉菌也會出現類似的顏色改變。白色表淺型甲真菌病會出現典型的甲板局限性淺表白斑，常可培養出石膏樣毛癬菌。當酵母菌侵犯甲時，引起甲顏色呈棕綠色改變;尖鐮刀菌、著色芽生菌、鏈格孢子菌屬可使甲板產生黑色;念珠菌感染會使甲變成淡綠色，并可出現明顯的甲營養不良。
灰指甲患者甲的顏色改變不單是由甲真菌感染而來，繼發細菌感染也是甲顏色改變的原因，當灰指甲在發展過程中變成棕色、綠色或灰色常提示繼發細菌感染。繼發奇異變形桿菌感染使甲板變成黑色;繼發綠膿桿菌感染時甲可變為黃綠色、棕綠色、黑綠色或淺灰綠色。
甲的顏色改變可能是由于甲真菌或繼發感染的細菌在甲板中生長繁殖產生顏色物質，或是甲溝組織由于病甲的刺激而產生色素彌散到甲板中。具體原因尚不清楚。