黃體功能不足是引起女性習慣性流產的病因，黃體功能不足的病因可能是來自垂體促性腺激素分泌功能欠佳或LH/FSH分泌的時相與協調不適當，也可因子宮內膜的雌激素增殖作用準備不足或內膜對黃體激素反應欠缺，部分原因可由高催乳素血癥引起。近年有報道，黃體缺陷常發生在不孕癥的治療過程中，如臨床上常見經克羅米芬治療后，誘發排卵率雖高而妊娠率相對較低。有人報道，用克羅米芬治療觀察到黃體期缺陷占20%～50%。因此，用誘發排卵藥物不應僅觀察其是否能促成排卵，還需注意排卵后的黃體功能是否良好。此種現象也可出現于用溴隱亭、HMG加HCG或GnRH脈沖式給藥時，故用藥后的黃體功能缺陷必須留意觀察，加以防治。
正常情況下卵巢排卵后，卵泡將黃素化形成黃體并分泌雌孕激素，分泌量于排卵后7～8天達高峰，然后于月經前1～2天迅速下降。若垂體促性腺激素及雌激素分泌不足，則卵泡發育成熟將不會完善，卵巢雖能排卵，但黃體發育常受影響而出現黃體功能不足的現象。