物理方法包括冷凍、電灼、高頻電刀、外科手術、激光、微波、等離子、伽馬刀、利普刀、光動力等。
(一).液氮冷凍或者CO2干冰治療
冷凍治療方法的優點有：無開放創面、疼痛輕、出血少、傷口愈合快、無瘢痕以及腔道狹窄形成等。常用于較干燥區域，例如外生殖器、肛周、尿道口、陰莖體、大腿內側。陰道內避免使用，10~30秒/一次，重復幾次，間隔7~14天可以重復使用。如果范圍較大，應該分次冷凍治療，若冷凍后的創面過大(直徑大于2CM)，會延期愈合，增加感染機會。
(二)激光治療
Co2激光輸出波長為10.6um，利用其物理特性，起到切割、汽化、燒灼作用。利用聚焦后光束能精確去除病變組織，對正常組織損傷較小。由于激光的熱凝固作用，在切割、汽化組織的同時可以封閉小血管、淋巴管，從而起到很好的止血效果，以及防止hpv通過血管與淋巴管循環轉移。同時根據hpv耐冷不耐熱的特點，激光產生的高溫有殺滅此病毒的作用。而且激光治療與病損組織無機械性接觸，手術后感染的機會大大降低，不至于造成2性的感染擴散。故co2激光治療CA具有一次性的治愈率較高，止血效果好，創面愈合快的特點。特別對陰道壁、宮頸口、尿道口的CA病灶的治療具有快速、準確去除病損的獨到之處。
(三)微波治療
微波治療儀的作用機制：CA的治療以消除疣體的局部癥狀為主，微波是一種非電離性高頻電磁波，具有特殊的生物學效應以及優良的止血作用，微波治療可以產生凝固，熱效應和非熱效應，它以生物組織本身為熱源，產生不導電的熱，從而達到凝固、止血、燒灼的效應，使CA皮損完全消失而治愈。其它治療方法且聽下回分解。