色素絨毛結節性滑膜需要與可發生關節腫脹，關節積液，關節骨破壞的關節疾病相鑒別。色素絨毛結節性滑膜炎的軟組織腫脹呈密度較高的結節狀，且以關節腔內為主，無骨質疏松，骨缺損邊緣硬化，關節間隙保持正常有助于與關節結核、滑膜炎、滑膜肉瘤、類風濕性關節炎等疾病的鑒別。鈣化多見于結核、滑膜肉瘤，但也不可完全排除色素絨毛結節性滑膜炎，應該把鈣化放在所有征象中綜合分析，這樣才能減少誤診。
①夏科氏關節：早期都出現關節腫脹、積液、無痛等，但多數有外傷史，關節畸形較嚴重。X線所見新骨形成，骨端瓦解，關節面破壞，關節脫位等骨關節損害與臨床癥狀極不相符。
②滑膜肉瘤：二者均有軟組織腫塊，鈣化、骨質破壞，但滑膜肉瘤發展快、病程短、劇痛、骨質破壞呈溶解性，無硬化邊緣。
③滑膜結核：二者均有關節周圍組織腫脹，關節面破壞，關節間隙早期增寬晚期狹窄。其不同點結核有明顯骨質疏松，關節面破壞累及兩側，無硬化之邊緣，軟組織中無腫塊影。
④類風濕性關節炎單關節型：多見于肘、腕、膝、指關節，關節腫脹，軟組織增厚，疼痛不甚明顯。較早出現骨質疏松、關節間隙變窄甚或蟲蝕樣破壞。關節穿剌為透明液。