1、藥物治療
真菌性角膜炎如果要通過藥物進行治療，則需局部使用抗真菌藥，如果病情較重，可增加其它給藥方式，比如結膜下注射，或者是全身使用抗真菌藥物。抗真菌藥物起效慢，因此需仔細觀察臨床體征評估療效，藥物治療應至少持續6周。
2、手術治療
真菌性角膜炎的治療即使能夠做到診斷明確、用藥及時，但仍有相當部分患者的病情可能是無法控制的，應該是和致病真菌侵襲性、毒性、耐藥性以及患者伴發的炎癥反應強烈有關。
通常可能會考慮手術治療，并且在術后還需注意選用敏感的、毒性較低的抗真菌藥物治療，以防止術后感染復發，是常見的真菌性角膜炎治療方法。