肛周尖銳濕疣的鑒別有寫困難，在臨床中，肛門尖銳濕疣比較容易與肛門生殖器癌相混淆，那么，這兩者應該如何鑒別呢?
生殖器癌多見于年齡較長者。初起為不同的小結節，逐漸擴大，皮損向下浸潤，形成潰瘍或菜花樣增生，外觀與尖銳濕疣相似，區別是尖銳濕疣一般不向皮內發展，如有懷疑必須做活檢，組織病理可見細胞變異，而無空泡化細胞。
發生于肛門的尖銳濕疣不少見，但肛門鱗狀細胞癌也很多，有時在臨床上需注意仔細鑒別。近年來臨床上把鱗狀細胞癌誤診為尖銳濕疣，而用激光、冷凍或化學剝脫治療者時有發生，因這種誤診對患者危害極大，應引起高度重視。