肛門膿腫的檢查有很多，比如采取擠壓法，即采用分葉狀肛門鏡擴張暴露膿腫部位的隱窩，然后壓迫膿腫，以觀察膿汁排出之所在，即可確定內口。
肛門膿腫的診斷依據和其他檢查手段：
1、肛門燒灼痛或跳痛，排便或行走時加重，少數有排尿困難。
2、可伴有發冷、發熱、全身不適等癥狀。
3、血白細胞及中性粒細胞計數增多。
4、肛門周圍有硬結或腫塊，局部溫度增高、壓痛或有波動。位于肛提肌以上的膿腫，直腸指檢可觸及壓痛性腫塊，直腸內穿刺可抽出膿液。
肛周膿腫還有以下常用檢查方法：
1、雙合診：把食指插入肛管，拇指在皮膚觸摸，膿腫波動員明顯的皮膚及粘膜最薄區，即是區口、外口的位置。
2、肛門鏡檢查：可見肛隱窩局部充血，可有膿性分泌物。
3、探針檢查：在肛門窺器下，用探針鉤隱窩，較易進入，且有溢膿者，即為內口。也可在術中，切開引流時探及內口。操作中要切忌暴力，以免造成人為的假內口，致使手術失敗。
4、電子肛腸鏡檢查：該系統徹底改變了傳統檢查的不足，對于痔瘡、肛周膿腫、肛乳頭肥大、肛瘺、肛裂等癥狀能夠迅速并準確地了解其病灶的部位以及發展程度。