多數可能與遺傳、性腺發育不良、內分泌及免疫性疾病有關。一些卵巢早衰患者可能同時存在自身免疫性內分泌疾患，如腎上腺功能減退、糖尿病、甲狀腺功能亢進或減退，都會引起卵巢早衰。
1、遺傳因素
遺傳學因素占10%，是卵巢早衰的重要因素之一;
2、外界因素
放療、化療、免疫抑制劑和手術等外界因素對卵巢功能帶來一定影響;
3、生殖因素
與患者的生產次數和長期月經紊亂有關，生育可降低發生POF的危險性，未產婦女早絕經的危險性增加。此外，多次人工流產有增加POF發生的風險;
4、心理社會因素
強烈的精神刺激，如長期焦慮、憂郁、悲傷、憤怒、恐懼等負性情緒或突然的生活環境改變可刺激神經中樞系統，嚴重時影響到卵巢功能;
5、生活環境因素
生活環境塑料燃燒后的多環芳香烴、香煙中的尼古丁等許多環境毒素會破壞卵泡，危害人類的生殖功能;
6、減肥過度
女性減肥過度會導致體內脂肪急劇降低，如果脂肪比率過低，就會對體內雌激素的水平造成影響，由于合成雌激素的主要原料是脂肪，當體內脂肪不足時，會導致雌激素成不足，一旦雌激素減少，則會導致月經紊亂，嚴重的甚至會出現閉經現象。進而影響卵巢功能，導致卵巢過早衰退。
7、感染因素
兒童期、青春期患病毒性腮腺炎性卵巢炎、水痘病毒、巨胞病毒感染以及嚴重的盆腔結核、淋病性和化膿性盆腔炎等疾病可致卵巢功能部分或全部喪失。