根據流行病學資料、臨床癥狀和體征以及實驗室檢查
結果的綜合分析進行診斷，但確診則需要依靠抗體檢查或病原分離。
(一)流行病學：在乙腦流行區居住，在蚊蟲叮咬季節發病或發病前25天內在蚊蟲叮咬季節到過乙腦流行區。
(二)臨床癥狀和體征
1.急性起病，發熱頭痛、噴射性嘔吐、嗜睡，伴有腦膜刺激癥狀。
2.急性起病，發燒2-3天后出現不同程度的意識障礙，如昏迷、驚厥、抽搐、肢體痙攣性麻痹等中樞神經系統，或發展至中樞性呼吸循環衰竭。
(三)實驗室檢查
1.腦脊液：壓力增高，呈非化膿性炎癥改變(外觀清亮，蛋白輕度增高，糖與氯化物正常，白細胞增高，多在50-500×106/L，早期多核細胞為主，后期單核細胞為主。
2.一個月內未接種過乙腦疫苗者，血或腦脊液中抗乙腦IgM抗體陽性。
3.恢復期血清中抗乙腦IgG抗體或中和抗體滴度比急性期有4倍以上升高者，或急性期抗乙腦IgG抗體陰性，恢復期陽性者。
4.乙腦病毒分離：從腦脊液、或腦組織、或血清分離乙腦病毒陽性。