剛開始肝囊腫對患者沒有什么影響及癥狀，所以不被人們所發現，多數都是在體檢時發現的，只有當囊腫越長越大、越長越多時就會出現癥狀，那么為了預防肝囊腫的發生，怎樣診斷鑒別肝囊腫呢?
肝臟囊腫檢查首選B超檢查，既便宜簡單又準確可靠。CT對肝囊腫的診斷意義很大：可以把整個肝臟顯示在CT片上，然后肝臟上所有大大小小的囊腫都可以呈現在CT片上。這種圖像的顯示比我們平時看到的B超圖像要全面、清楚，我們自己和臨床醫生可以更好地了解肝臟囊腫的情況。肝臟包蟲性囊腫可以做包蟲囊液皮內試驗(Casoni試驗)，但禁止做診斷性穿刺，以免引起過敏性休克和包蟲腹腔擴散。
肝臟囊腫除了要區分先天性、創傷性、炎癥性、腫瘤性和寄生蟲性外，還要與肝臟血管瘤、肝膿腫、肝癌等鑒別。鑒別的方法需要臨床醫生根據病史、癥狀、體征、化驗和檢查去綜合判斷。例如肝臟海綿狀血管瘤增強CT時表現瘤內有血流、或血流由周邊向中央彌散，而囊腫是沒有血流的。肝癌病人常有乙肝、乙肝病毒攜帶、肝硬化，化驗甲胎球蛋白升高，CT增強掃描呈現血流快進快出的表現等。