1.細菌性肝膿腫
起病急，多有寒戰及弛張型高熱，體溫可達39～41℃;肝區或上腹部疼痛，有時牽涉肩部;肝臟腫大位于肋緣下時觸痛明顯，肋間多有固定壓痛區域;白細胞計數升高，可有核左移;血細菌培養半數陽性;B超：呈蜂窩狀低回聲網狀結構或液性暗區，病變邊緣多模糊，回聲粗糙、不規則;CT：呈圓形或類圓形低密度區，密度雖與囊腫相似，但靜注造影劑增強后，膿腫周圍一般均有強化，形成增強環，多房性的囊腫其分隔亦被增強;病變周圍若出現靶征或雙靶征，為特征性的肝膿腫CT表現。B超引導下診斷性穿刺抽得有臭味的膿液可確診。
2.阿米巴肝膿腫
起病多緩慢，病程長，低熱，發病前可有痢疾史，肝臟腫大較顯著且壓痛明顯;血清免疫試驗陽性;B超、CT等影像學表現類似細菌性肝膿腫;B超引導下診斷性穿刺抽得巧克力樣膿液可確診。
3.肝包蟲病
患者多來自牧區，起病緩慢，常有上腹部部位不定的隱痛，上腹部包塊質地不一，可呈囊性感或質韌;有時可捫及有特征性的包蟲囊震顫征(hydatid thrill);血象可表現為嗜酸性粒細胞增多;間接血凝試驗、補體結合試驗陽性，皮內過敏試驗陽性率更高，但亦有相當多的假陽性;B超：病變囊壁多呈雙層結構，壁較厚，囊腔內可有大小不等的圓形暗區(子囊)，如在圓形暗區內又含小的圓形暗區(大囊套小囊)，則為包蟲病的特征表現，內囊脫落時可見囊腔內水上睡蓮征;CT：囊壁呈密度略高的環狀陰影，多數囊腫可見密度較高的母囊和密度較低的子囊同時存在于囊腔內，為肝包蟲病的特征性表現。
4.含囊性病變的肝臟腫瘤
主要靠影像學診斷來鑒別：①肝臟囊腺瘤或囊腺癌：B超下見無回聲區為主的囊腔，但囊壁不光整，某一局部有乳頭狀相對強回聲突入囊腔內，如為惡性，則隨訪可見腔內可出現不規則的絮狀團塊狀的實質性結構回聲，逐漸充滿囊腔，轉變為囊實混合性的非均勻雜亂回聲;②轉移性肝癌和部分原發性肝癌出現病灶中央液化壞死時，B超可見在增強光團區周圍有一層低回聲暗圈包繞，而光團的中央呈現另一無回聲或低回聲區，即所謂的靶征或牛眼征(bull eye sign)。