在還不能確定是由某種特定的致病菌所引起的，而粘膜也沒有明確的炎性病變，所以盲目使用抗生素是不合理的。過多過濫地使用抗生素，有時甚至會因破壞腸道正常菌群而導致其他疾病的發生，如前面提到的偽膜性腸炎和出血腸炎。
西醫治療多以調節植物神經和腎上腺糖皮質激素為主，而越來越多的患者更樂于接受純中藥治療。在治療過程中，患者首先要了解此病的治療尚在探索中，尤其是中藥治療，中醫學講究“三因制宜”，即因人、因時、因地制宜，有可能同樣的藥，給有同樣癥狀的患者服用，有人效果好，有人效果差。因此醫生往往會根據患者個人的體質、氣候條件等因素的不同，并參考患者反饋的癥狀變化，在一段時間內隨癥調整用方，以選擇一個最有效最合理的配方。患者應有耐心配合醫生的治療，遵醫囑按時按量服藥，不要悲觀失望，不要貪功冒進。
精神因素已經是公認的與慢性結腸炎的發生、發展有密切關系的因素，在臨床上已不難見到一些有典型神經質傾向的慢性結腸炎患者?；颊咦约簯J識到慢性結腸炎雖然給您的生活和工作帶來極大的不便和困擾，甚至于給您的精神上增加了很大的負擔。
慢性結腸炎畢竟不是一種嚴重的疾病，它更不是致人死命的疾病，如果患者有相應的癥狀，而檢查確診為慢性結腸炎時，患者更有理由放松自己的思想情緒(當然不能忽視治療)，要記住，轉移注意力對本病的治療有很大的幫助。