肝囊腫多數是體檢做超聲波檢查時發現的。肝囊腫定期復查時，B超也是首選的、經濟可靠而非侵入性的簡單方法。
癥狀方面
多數沒有不適癥狀。病史方面：多數無肝炎及肝硬化病史。
化驗方面
AFP陰性，肝功能多數正常;肝囊腫一般不導致肝功能異常，肝功化驗檢查對體積較小的肝囊腫的診斷價值不大;發現肝囊腫后，應取血查甲胎蛋白，以協助排除原發性肝癌。
影像檢查方面
B型超聲檢查幾乎可以發現所有肝囊腫，對肝囊腫的檢出率可達98%，同時可以鑒別肝包蟲病。在定性方面，超聲波檢查CT更準確;但要全面了解囊腫的大小、數目、位置，特別是那些需要進行手術治療的巨大肝囊腫，CT優于B超檢查。B超或CT診斷肝囊腫十分可靠，一般不必做過多的檢查，若根據病情需要，可行腹腔動脈造影、胃腸造影、核磁檢查。
肝囊腫是常見肝臟良性疾病，而且囊腫一般不會癌變，多數不損害肝功能，小囊腫也不會影響正常生活。由于目前沒有特效藥可以消除肝囊腫，所以也不必服藥治療，因此只需定期到醫院進行復查，每年1-2次B超即可。