藥物治療無效，病情發展或發生并發癥時，需手術治療。潰腸性結腸炎需手術治療的約占20%。
1、手術指征
有以下情況的應手術治療。
① 結腸穿孔，大量出血積極治療繼續大出血，發現中毒性巨結腸積極治療24小時無改進，應做急癥手術。
② 急性暴發性和嚴重發作的積極治療。脈搏超過100次，體溫38℃以上，排糞每日超過9次。應在24小時內手術。或開始治療有些好轉，l周末臨床表現明顯，排糞帶血每日超過4次，結腸仍有觸痛，繼續心動過速和發熱，應手術治療。
③ 慢性復發性結腸炎反復發作，經非手術治療不能維持營養、正常工作和生活的病人。結腸有活動性潰瘍、狹窄和假息肉，失去正常功能，持續腹瀉，可做擇期手術。
④ 兒童和青年長期患病，全身發育不良，消瘦，表現幼稚型，應早期手術。
⑤ 廣泛結腸炎病程過10年，有狹窄癥狀。活組織檢查高度發育異常。腸外并發癥如關節炎等不斷加重的病人，做擇期手術。
2、急癥手術
這類病人的病變廣泛、病情嚴重，全身情況較差，手術目的是控制病情惡化，挽救生命。
① 次全結腸切除回腸和乙狀結腸造口術，可明顯緩解中毒癥狀和出血，并可切除穿孔的結腸。不切除直腸，不縫合乙狀結腸斷端，減輕病人的手術負擔，防止縫合斷端愈合不良和引起腹腔感染。
② 回腸斷端造口只適用于全身和局部原因不能做次全結腸切除的病人，因結腸仍存在病變，不能解除中毒、出血和穿孔。
③ 回腸造口和橫結腸造口或乙狀結腸造口術，適用于急性中毒性結腸擴張不能耐受結腸次全切除的病人。結腸造口可以減低腸腔壓力，防止穿孔。急癥手術后病情好轉，再做第 2期切除手術。急癥手術死亡率超過30%。