藥物也可以誘發或直接導致口腔潰瘍。
1.潤喉片
過多含服潤喉片也會導致口腔潰瘍，因為潤喉片多含有薄荷或碘等成分，它們對口腔黏膜有直接的刺激作用，就像硫酸對皮膚的化學性刺激一樣。因此口腔無炎癥時，不要過多服用潤喉片，以免導致口腔潰瘍。
2.抗生素
很多廣譜抗生素都可以誘發口腔潰瘍，因為像氨芐西林、頭孢氨芐、甲硝唑及替硝唑等廣譜抗生素抗菌范圍廣，卻缺乏針對性，容易造成菌群失調，真菌趁機得到滋長，從而發生口腔潰瘍。若發現上述情況，要及時找醫生咨詢，盡量采取其他藥物代替。
解熱鎮痛藥物，如阿司匹林、雙氯芬酸鈉等，都有引發口腔潰瘍的報道。解熱鎮痛藥多是有機弱酸，對黏膜有刺激作用，同時也容易產生變態反應，導致口腔黏膜損傷。
另外，化療藥甲氨喋呤、長春新堿等也會導致口腔潰瘍，化療藥多有細胞毒性，口腔黏膜生長比較迅速，因此，化療藥對其毒性也比較大，從而導致口腔潰瘍。