肛門HPV感染的自覺癥狀多不明顯，有時可感肛周灼痛、瘙癢及壓迫感等，肛門周圍尖銳濕疣初發時可見少數微小淡紅色丘疹，漸增大、增多，傾向融合或互相重疊，呈大小不等的菜花狀、乳頭狀、蕈狀或鵝冠狀增殖，性質柔軟，部分皮損根部可有蒂。因分泌物浸潤表面可呈白色、污灰色、紅色或有出血表現，顆粒間積有膿液、發出惡臭味。由于局部搔抓、摩擦，可使疣體破損、表面糜爛而出現滲液、出血和繼發感染，同時疣體的增長尤為明顯。
肛周尖銳濕疣癥狀
①肛周尖銳濕疣瘙癢癥狀：它是肛門濕疹的根本癥狀。呈陣發性奇癢,搔抓片面后，可使皮膚殘缺而痛癢加劇;瘙癢難忍時，相關學習、就業、睡眠等。
②肛門潮紅有異物感癥狀：肛門皮膚因濕潤、摩擦或搔抓，使肛周皮膚或皮膚皺襞呈淡粉赤色、水腫。疣體變大會有異物感。
③肛周尖銳濕疣癥狀—肛門濕潤：滲出可引起肛門濕潤難熬，內褲誹謗和皮膚磨損。
④肛周尖銳濕疣疼痛癥狀：肛門境遇皮膚因搔抓破潰，可導致皸裂、辱沒，常誕生肛門疼痛和排便時疼痛。
⑤肛周尖銳濕疣的其他癥狀：即肛門濕疹除了有其特征外，還可引起消化性惡、腹脹、便秘和腹瀉、頭暈、失眠、煩瑣等癥狀。