肛門直腸周圍膿腫一般在1周左右可形成膿腫，在肛門周圍成直腸內指診可摸到柔軟、壓痛、有波動的腫物，用注射器穿刺可抽出膿汁。若自行潰破或切開排膿后疼痛緩解或消失，體溫下降，全身情況好轉。但流膿的傷口卻不易愈合或暫時愈合后又復發流膿，經久不愈，就成為肛瘺。
由于膿腫發生的位置不同，癥狀也不同。
1).肛周皮下膿腫 主要是疼痛，最初為脹痛、化膿時跳痛、排便時疼痛加重，膿腫在肛門前方可發生尿潴留，膿腫在肛門后方出現尾骶部疼痛。全身中毒癥狀輕，局部腫脹，發紅、壓痛、有波動感。
2).坐骨直腸窩膿腫 患者有周身不適、發熱寒戰、體溫升高等全身中毒癥狀。局部見肛門一側腫脹、發紅、灼痛、跳痛、壓痛、坐臥不安，活動和排便時痛加重，有排尿困難等。
3).骨盆直腸窩膿腫 患者全身癥狀重，先寒戰高熱，周身疲倦，嚴重者可有敗血癥的中毒癥狀。局部癥狀輕，僅有直腸下墜感，酸痛或不適的表現，亦可發生排尿困難。
4).直腸后膿腫 全身癥狀與骨盆直腸窩膿腫相似，但局部癥狀主要在尾骶腰部酸脹墜痛，向背部及兩側大腿放射，尾骨有壓痛，患者不能端坐。
5).直腸粘膜下膿腫 患者有周身不適，疲倦，發熱。局部以直腸刺激癥狀為主，有里急后重，下墜，便次多或便意感等。