由于肛周膿腫發生的位置不同，肛周膿腫的癥狀也不同。
1、肛周皮下膿腫：主要是疼痛，最初為脹痛、化膿時跳痛、排便時疼痛加重，膿腫在肛門前方可發生尿潴留，膿腫在肛門后方出現尾骶部疼痛。全身中毒癥狀輕，局部腫脹，發紅、壓痛、有波動感。
2、坐骨直腸窩膿腫：患者有周身不適、發熱寒戰、體溫升高等全身中毒癥狀。局部見肛門一側腫脹、發紅、灼痛、跳痛、壓痛、坐臥不安，活動和排便時痛加重，有排尿困難等。
3、骨盆直腸窩膿腫：患者全身癥狀重，先寒戰高熱，周身疲倦，嚴重者可有敗血癥的中毒癥狀。局部癥狀輕，僅有直腸下墜感，酸痛或不適的表現，亦可發生排尿困難。
4、直腸后膿腫：全身癥狀與骨盆直腸窩膿腫相似，但局部癥狀主要在尾骶腰部酸脹墜痛，向背部及兩側大腿放射，尾骨有壓痛，患者不能端坐。
5、直腸粘膜下膿腫：患者有周身不適，疲倦，發熱。局部以直腸刺激癥狀為主，有里急后重，下墜，便次多或便意感等。
結核性肛門直腸周圍膿腫與上述細菌性感染不同，患者常是慢性發病，膿腫經數周、數月后才能形成，局部疼痛不劇烈，伴有低熱，局部紅腫也不明顯，破潰后流出的膿液清稀、乳白色，膿口凹陷，周圍皮膚發青或呈青白色，常有多個流膿的外口，經久不愈。全身檢查可以發現肺部、大腸或其他部位的結核病灶，膿液培養可找到結核桿菌。