分析其術后復發原因有
(1) 認識不足
對甲狀舌管囊腫與瘺管部位變異及對其胚胎發生學認識不足，術中僅單純摘除囊腫或瘺管未切除舌骨或切除范圍不夠，導致了術后復發。甲狀舌骨囊腫形成在胚胎期甲狀腺發生過程中，胚胎發育至第3 周時，在原口腔的底部發生甲狀腺管，下行至頸部其下端發生甲狀腺。胎兒發育第5 周時，甲狀舌管即行退化，失去管腔，變為實性的纖維條索，其口腔端殘留為舌根部的盲孔。如甲狀腺舌管退化不全，出生以后即可腫大成囊腫。
如囊腫感染可能破潰形成經久不愈的瘺管。同時甲狀舌管退化時，左右兩側軟骨性舌骨融合，可使甲狀舌管位于舌骨背、腹側或被包圍其中。在舌骨中部或骨膜內，常有不規則、覆有上皮的管囊，致使甲狀舌管與舌骨的位置關系變化大。綜上所述，可見甲狀舌管囊腫(瘺管) 和舌骨關系密切，其與舌骨的位置關系也有很大的變異。但一些基層醫師對此認識不足，僅將此病看成一個單純的囊腫或瘺管去治療，手術中僅摘除了囊腫或瘺管，未處理舌骨，導致了術后的復發。
(2) 感染控制不佳
甲狀舌管囊腫或瘺管長期反復感染，感染后的組織充血、水腫、組織脆弱，分離時稍不得法，瘺管、小分支極易離斷，導致瘺管殘留引起復發。
(3) 術中未用美藍示蹤
術中使用美藍示蹤可以顯示出瘺管的小分支，避免遺漏小的瘺管引起復發。無炎癥囊壁或瘺管與正常組織的顏色很接近，不易分辨。而反復感染的囊腫或瘺管周圍組織有粘連又不易分離。因此單純經驗摘除，就有可能遺漏小的瘺管。