口腔潰瘍的發生原因有以下幾方面
1、病毒感染
最近經臨床及免疫研究，已確定其病原為病毒感染，導致口腔潰瘍的病毒分別為人類巨細胞病毒和ER病毒。這類病毒屬于原發性病毒，人類感染后即存在體內，藏在表皮下的血管中，并在細胞核中繁殖。人們一旦感冒、情緒壓力大、身體疲倦或精力不足、免疫力差等，就會激活潛伏在體內的病毒，潰瘍會復發或加重。
2、營養免疫因素
口腔潰瘍、特別是復發性口腔潰瘍，與免疫有著很密切的關系。免疫缺陷，營養不良、偏食，維生素缺乏;微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等缺乏，可降低免疫功能，增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。
3、精神壓力因素
現代人生活緊張、精神壓力大、過度疲勞、神經功能紊亂失調等，是口腔潰瘍形成的重要因素。口腔潰瘍患者有許多是在過度疲勞后發病的。睡眠不足、體質下降，也是口腔潰瘍的形成因素。
4、內分泌因素
有些女性患者往往在月經期發生口腔潰瘍，更年期婦女發病率也升高，可能與體內雌激素量下降有關。
5、遺傳因素
在臨床中，復發性口腔潰瘍的發病，有明顯的家族遺傳傾向，父母一方或多方若患有復發性口腔潰瘍，他們的子女就比一般人更容易患病。
6、疾病因素
口腔潰瘍的發作，常常還與一些疾病或癥狀有關，如消化系統疾病胃潰瘍，十二指腸潰瘍，肝炎，結腸炎、胃腸功能紊亂引起的消化不良，腹瀉、便秘等，另外還與貧血，發熱等有關。