由于流感的表現與普通感冒及上呼吸道感染十分相似，無十分明顯的特征，因此最初發生的病例不易診斷，需要根據流行病史、臨床癥狀體征及病原學檢驗綜合進行診斷。
1.流行病史
當地有流感流行情報，對診斷最有幫助，在流感流行季節，周圍人群中有同樣病癥就應提高警惕疑及本病。
2.臨床診斷
突然起病，有發熱、怕冷、頭痛、四肢肌肉酸痛、倦怠疲乏，逐漸出現呼吸道癥狀有咳嗽、咽痛、眼結合膜充血、面頰潮紅，而卡他癥狀體征不如普通感冒明顯，咽痛、咽部紅腫和扁桃體體征也不如急性扁桃體炎嚴重，為流感臨床特點。周圍白細胞計數大多偏低或正常，中性粒細胞降低明顯，則臨床上可疑為流感。嬰幼兒憑臨床表現更不易與其他上呼吸道病毒感染鑒別，應及早進行病原學診斷。
3.病原學診斷
(1)病毒分離
采取急性期鼻咽腔洗液、咽部含漱液或取咽拭子置保存液中送檢，最好立即接種于雞胚羊膜腔或尿囊，或接種于敏感的人胚腎等細胞培養中，分離流感病毒，必要時接種于實驗動物中分離病毒。采取標本最好在起病3～5天之內，過晚分離陽性率降低。
(2)血凝及血凝抑制試驗
流感病毒具有凝集豚鼠紅細胞(或雞及人“O”型紅細胞)的能力，將病兒早期鼻咽腔洗液(用生理鹽水洗)與豚鼠紅細胞相混，出現凝集即為陽性，僅表示有病毒存在，此反應敏感性較差。如預先加入特異性抗流感病毒血清進行血凝抑制試驗，陽性表示標本中含流感病毒，并可應用此法進一步作分型鑒定。
(3)熒光抗體染色檢查鼻粘膜細胞
用鼻咽拭子在鼻腔中旋轉幾次，使拭子上沾有粘膜脫落細胞，涂于玻片上，干燥后用熒光抗體(抗流感病毒特異血 清)染色，在熒光顯微鏡下見多處帶蘋果綠色熒光的細胞者為陽性，注意鑒別非特異性熒光點，陽性者有肯定意義，陰性者不能完全除外。此法快速(2小時內完成)簡便。
(4)血清內抗體檢測
可采用①血凝抑制試驗，②中和試驗，③補體結合試驗，痊愈期血清抗體滴度超過初期滴度4倍以上有診斷價值，陽性率一般可達60%～80%。