肛管直腸瘺主要侵犯肛管很少涉及直腸，故常稱為肛瘺，是與會陰區皮膚相通的肉芽腫性管道。內口多位于齒線附近，外口位于肛周、皮膚處，整個瘺管壁由增厚的纖維組織組成，內附一層肉芽組織，經久不愈。發病率僅次于痔，多見于男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有關。
肛瘺有很多種類型，由于分類方法的不同，而有不同的名稱，常見的分類方法有以下幾種：
(1)按病變程度分類
單純性肛瘺：只有一條瘺管，內外口直通的肛瘺。
復雜性肛瘺：瘺管和外口在兩條或兩個以上，但內口可以是一個或多個的肛瘺。
(2)按病變的深淺分類
低位肛瘺：瘺管管道位于外括約肌深層以下的肛瘺。
高位肛瘺：瘺管管道位于外括約肌深層或恥骨直腸肌以上，內口在齒線或齒線以上的肛瘺。
(3)按內、外口分類
內盲瘺：只有內口而無外口的肛瘺。
外盲瘺：只有外口而無內口的肛瘺。
內外瘺：內口、外口和瘺道均存在，臨床上最多見。
(4)按病理分類
化膿性肛瘺：臨床較常見。局部紅腫熱痛較明顯，膿液粘黃稠，味惡臭。
結核性肛瘺：臨床較少見。多有結核病史，局部紅腫熱痛水明顯，膿液稀薄，色白。
(5)按病變的部位分類
皮下瘺：瘺道位于肛門周圍皮下，多由于肛裂感染引起。
粘膜下瘺：瘺道位于直腸粘膜下，多由于直腸粘膜損傷，或痔注射術后局部感染所致。
內外括約肌間瘺：可分為低位肌間肛瘺和高位肌間肛瘺。
坐骨直腸窩(肛提肌下)肛瘺：由坐骨直腸窩膿腫發展而來。