肛門周圍及骶尾部也有許多瘺管，易被誤診為肛瘺，應加以鑒別。
①會陰部尿道瘺：這種瘺管是尿道球部與皮膚相通，常在泌尿生殖三角區內，排尿時尿由瘺口內流出。瘺外口位置多數與肛瘺相似，但其由瘺外口排出者為尿液。尿道瘺常有外傷史和尿道狹窄，且不與直腸相通，肛管和直腸內無內口。
②骶骨前瘺：由骶骨與直腸之間的膿腫在尾骨附近穿破形成，無通向肛門的瘺管。
③先天性瘺：由骶尾部囊腫化膿破裂形成，原發外口常在臀溝中點，尾骨尖附近。瘺內可見毛發，由胚胎發生。
④骶尾部瘺：常由臀部損傷，如打擊、腳踢和擦傷引起，在骶尾部形成膿腫，從而形成瘺管。
⑤肛門周圍化膿性汗腺炎：該病外口較多，侵犯廣泛，但無內口，與肛管無聯系。
⑥結核性肛瘺：內外口較大，邊緣不整齊，瘺管常無硬變。
⑦慢性結腸炎并發肛瘺(略)。
⑧先天性直腸瘺：常開口于會陰或陰道，內口在肛管壁上，不在肛竇附近。
⑨其他：如直腸尿道瘺、直腸膀胱瘺、直腸陰道瘺等，較易與肛瘺鑒別。