灰指甲是由于甲真菌的侵犯而導致指甲發生的病變，由于甲真菌的致病菌侵犯部位較深，治療療程長，易復發，給患者帶來了極大的痛苦。灰指甲的治療應根據具體病情采取個體化治療，其治療原則為主要采用綜合治療，以口服抗真菌藥為主，局部外用抗真菌藥為輔，嚴重時可采用除甲療法。
近些年來，由于新型廣譜抗真菌藥物特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑的出現，有效遏制了真菌的氣焰，主要用于甲損害嚴重、廣泛、局部用藥效果不佳者，應用抗真菌藥物治療灰指甲治愈率可達到70%以上。由于抗真菌藥物的不良反應，對老年和慢性肝腎疾病的患者采用外用藥物治療甲真菌病更為合適。
局部外用抗真菌藥物療法一般只用于部位表淺、單個甲的感染，包括外用抗真菌涂劑、消毒劑、角質剝脫劑等。由于甲的特殊結構，使得大多數藥物難于滲透入甲板，無法發揮其抑菌或殺菌活性，需要結合削甲術或磨甲術一起應用。
對于病甲嚴重增厚，或在甲下形成癬菌瘤的患者，需要應用外科除甲療法、激光手術除甲療法或化學溶甲療法，除去病甲后進行抗真菌治療。臨床上一些難治療的類型應采用聯合療法進行治療。