肛門皸裂是易與肛裂相混淆的一種病，皸裂發生在肛腺和肛管處皮膚的淺表開裂，裂口可發生在肛管的任何部位，多呈淺表，局限于皮下，不涉及到肌層，且裂口幾處同時存在，不用牽開肛門即可見到。而肛裂多1～2個裂口，在肛管處發生，持續性劇痛，常可深達肌層。在治療方面，肛門皸裂以外用藥物治療為主，肛裂則以手術治療為主。
肛裂須與以下疾病相鑒別
1.肛門皮膚皸裂：多由肛門瘙癢癥、肛門濕疹等繼發引起，裂口表淺而短，不到肛管，疼痛輕而出血少，瘙癢較重，無潰瘍、裂痔和肛乳頭肥大等并發癥。
2.肛門結核：潰瘍形態不規則，邊緣潛行，疼痛輕，無裂痔，在做病理檢查時可見結核結節和干酪樣壞死病灶。
3.肛門皮膚癌：潰瘍形態不規則，表面凹凸不平，邊緣隆起，質硬，并有奇臭味和持續疼痛，病理切片可見癌細胞。