中醫中藥治療小兒腹瀉有很好的療效。從中醫辨證的角度看，小兒腹瀉一般分為四型
傷食瀉、脾虛瀉、風寒瀉、濕熱瀉。傷食瀉表現為患兒為飲食所傷，出現腹脹腹痛，大便稀爛酸臭如臭雞蛋，噯氣嘔吐、不思飲食。可以使用有消食化積作用的保和丸口服。該方內含有焦山楂、焦神曲、雞內金等中藥，能夠起到消食化積導滯的作用。脾虛瀉表現為持續時間較久的腹瀉，這種腹瀉時作時止，大便常伴有白色奶塊或食物殘渣，大便色淡不臭。由于腹瀉時間較久，患者常表現為形體消瘦、乏力，少氣懶言。
可使用健脾益氣的參苓白術散或理中丸口服。該方中含有黨參、茯苓、白術、甘草、淮山、薏苡仁等健脾化濕作用的中藥。寒濕瀉表現為腹痛腸鳴，大便清稀，夾有泡沫，臭氣不甚。治療主要是藿香正氣散口服。該方中有藿香、蘇葉、生姜、陳皮、半夏、蒼術、茯苓等疏風散寒、健脾化濕和中的中藥。濕熱瀉表現為起病急，瀉下急迫，量多次頻，氣味臭穢，或有粘液，舌質紅，苔黃膩。可使用葛根芩連湯口服。該方中使用了葛根、黃芩、黃連等具有清腸解熱，化濕止瀉作用的中藥。臨床中，濕熱瀉占到了所有小兒腹瀉的85%以上，所以，應該引起臨床醫師的重視。