肝癌檢查主要包括血清甲胎蛋白(AFP)和肝臟影像學檢查。甲胎蛋白是目前常用的，也最簡單實用。我國60%以上肝癌病例的血清AFP>400 μg/L，95%的肝癌患者具有乙肝病毒(HBV)感染的背景，10%有丙肝病毒(HCV)感染背景，還有部分患者HBV和HCV重疊感染，因此如果在病毒性肝病基礎上合并AFP> 400 μg/L應該高度懷疑肝癌可能，盡早完善影像學相關檢查，做到早發現、早診斷、早治療。
1、最常用的是肝臟超聲檢查，超聲檢查為非侵入性檢查，對人體組織無任何不良影響，其操作簡單、直觀準確、費用低廉、方便無創、廣泛普及，可用于肝癌的普查和治療后隨訪。
2、CT已經成為肝癌診斷的重要常規手段。腹部CT增強掃描可清楚地顯示肝癌的大小、數目、形態、部位、邊界、腫瘤血供豐富程度，以及與肝內管道的關系，對于進一步明確診斷，與其他良性肝臟占位相鑒別，同時明確肝癌的分期分級，對于指導治療及判斷預后有重要意義。通過影像分析軟件還可以對肝臟內各管道進行重建，可以精確到各肝段血管的走行，腫瘤與血管的關系，模擬手術切除平面，測算預切除腫瘤的體積和剩余肝體積，極大的提高手術安全性。
3、肝臟特異性MRI能夠提高小肝癌檢出率，同時對肝癌與肝臟局灶性增生結節、肝腺瘤等的鑒別有較大幫助，可以作為CT檢查的重要補充。
4、PET(正電子發射計算機斷層掃描)-CT全身掃描可以了解整體狀況和評估腫瘤轉移情況，更能全面判斷腫瘤分期及預后，但是價格較為昂貴，一般不作為首選檢查。
5、選擇性肝動脈造影是侵入性檢查，因肝癌富含血供，以肝動脈供血為主，因此選擇肝動脈造影可以明確顯示肝臟的小病灶及腫瘤血供情況，在明確診斷后還可以通過注射碘油來堵塞腫瘤供養血管達到治療目的，適用于其他檢查后仍未能確診的患者。有乙肝、丙肝的病人應定期復查，如有可能應每年查體，肝臟B超是最基礎的檢查。