根據患者有不潔性接觸史，尿道炎癥狀較淋病輕，分泌物檢查找不到淋球菌，高倍鏡下(400X)白細胞10～15個以上，油鏡下(1000X)白細胞5個以上即可初步診斷，有條件者可應用熒光標記的單克隆抗體(直接熒光抗體法)檢測上皮細胞內的衣原體包涵體，或應用多聚酶鏈式反應(PCR)檢測衣原體和支原體DNA，衣原體和支原體培養進一步確診。
以下是非淋菌性尿道炎的具體診斷方法
1、除外淋菌尿道炎，尿道分泌物涂片GRAN染色未見白細胞內外GRAN陽性，雙球菌培養無淋菌生長。
2、病史，有尿道分泌物及排尿困難史。
3、體格檢查，有膿性，粘液膿性或白色尿道分泌物。
4、實驗室檢查，尿道分泌物GRAM染色，在1000倍顯微鏡視野下多形核白細胞數大于五個。
5、女性用窺陰器充分露暴宮頸，第一根拭子將宮頸表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宮頸1-2cm，旋轉10s，停2-3s，取出拭子，不要碰陰道壁。