形成肛周膿腫的常見原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直腸內微小損傷，腸道內細菌可經過損傷處的肛腺浸入到肛管直腸周圍間隙而形成感染，進而形成膿腫。如膿腫的位置較深，則可能有發熱、乏力等全身癥狀，肛周部的疼痛紅腫往往不太明顯。
肛管直腸周圍膿腫一般不能自行痊愈，如任其發展，最終膿腫將向肛周皮膚或肛管直腸腔內破潰形成肛瘺，如果膿液得到引流，癥狀可暫時緩解，隨后破潰口可愈合，膿液又不斷積聚，感染向周圍繼續擴散，再次出現癥狀，并可能出現新的膿腫，并形成多個破潰口，如此反復發作，經久不愈。
所以，一旦出現肛管直腸周圍膿腫應及時治療，少數肛周表淺的膿腫可采用抗生素治療、熱水坐浴、局部理療等方法消散，但多數患者需要手術切開膿腫，充分引流膿液，防止其不斷擴散，以減輕疼痛等癥狀。伴有肛瘺的肛管直腸周圍膿腫，要根治必須先處理肛瘺，局部可用高錳酸鉀溶液坐浴，使會陰保持清潔。同時應用抗生素控制感染，待膿腫破潰或切開引流后3個月左右，肛瘺周圍炎癥即會消退，纖維管道形成，再手術治療肛瘺。