病毒(25%)
有數種病毒可引起手足口病，最常見的是柯薩奇病毒A16型，此外柯薩奇病毒 A的其他株或腸道病毒71型也可引起手足口病，柯薩奇病毒是腸道病毒的一種，腸道病毒包括脊髓灰質炎病毒，柯薩奇病毒和埃可病毒，其感染部位是包括口腔在內的整個消化道，通過污染的食物，飲料，水果等經口進入體內，并在腸道增殖。
免疫力(20%)
手足口病主要發生在4歲以下的兒童，但成人也有可能得病，因此可以說每個人都是易感的，感染后只獲得該型別病毒的免疫力，對其它型別病毒再感染無交叉免疫，即患手足口病后還可能因感染其它型別病毒而再次患手足口病。
口蹄疫病毒(25%)：
屬于小RNA病毒科，現稱為口皰病毒(aphoviruses)，呈球狀顆粒，直徑為22～30nm，有7種不同的血清型：即A，O，C，SATI，SATZ，SAT3 和亞洲-1型，至少有63個亞型，各流行區的型別分布有所不同，各型間無交叉免疫作用，從人類分離到的幾乎都是O型，偶有C型，傳染源是患口蹄疫的動物，患病動物的血液，皮膚黏膜分泌物，唾液，尿糞，乳汁均帶有病毒，大多是通過直接和患病動物接觸或擠乳時，病毒通過皮膚微小傷口進入人體發病，偶可通過食用受染的牛乳，乳酪，牛油或其他乳制品被感染發病，甚至食用病牛的肉和骨頭也可感染，人與人之間很難相互傳染。