人禽流感的潛伏期通常在1周內，多為1~3d，任何年齡均可患病，無性別差異。常急性起病，早期癥狀類似普通流感。主要表現為發熱，體溫一般在39oC以上，持續1~7d，多數為2~4d。患者可有頭痛、乏力、肌肉酸痛等全身中毒癥狀和流涕、鼻塞、咳嗽、咽痛等呼吸道癥狀，部分患者有食欲下降、惡心、嘔吐、腹脹、腹痛、腹瀉、稀水樣便等消化道癥狀，有的患者還可伴發結膜炎。嬰兒的臨床癥狀常不典型，可表現為高熱驚撅、喉炎、氣管支氣管炎，甚至出現氣道梗阻現象。新生兒常呈敗血癥樣表現，如嗜睡、拒奶、呼吸暫停等。
重癥人禽流感患者病情發展迅速，可出現肺炎、肺出血、胸腔積液、急性呼吸窘迫綜合征(ARDS)、全血細胞減少、腎功能衰竭、敗血癥、休克、MODS及Reye綜合征等多種并發癥，甚至死亡。近半數患者可出現肺實變體征，肺部聞及濕性啰音。
人禽流感的預后與感染的病毒亞型有關，如感染H9N2、H7N7者，大多預后良好;而感染H5N1病毒者預后較差，病死率高達30%以上，如1997年香港人禽流感的病死率為33.3%(6/18)，2003~2004年越南人禽流感的病死率為69.6%(16/23)。此外，影響本病預后的危險因素與年齡、基礎疾病、診治是否及時、是否伴發嚴重并發癥等有關。