多囊肝的囊腫可滿布肝臟，有些病人常以上腹腫塊為首發癥狀，終末期出現腹水，門脈高壓等肝功能不全的癥候。 肝囊腫一般是沒有癥狀的。當囊腫長大到一定程度，可能會壓迫胃腸道而引起癥狀，如上腹不適飽脹;也有因囊腫繼發細菌感染而有腹痛、發熱的。
隨著影象診斷學的發展及普及，尤其是B超已列為人群體格檢查的常規之一，而B超對肝囊腫的檢出率可達98%，所以發現本癥的不少。在人們的心目中，囊腫是在肝臟上面長出來的一個腫瘤，盡管沒有多大的癥狀，也很不放心，會不會變肝癌呢?肝囊腫常見的并發癥是破裂出血、細菌感染、瘺及穿透，而罕見癌變。先天性肝囊腫是絕對不會癌變的。
肝囊腫是一種較常見的肝臟良性疾病，可分為寄生蟲性、非寄生蟲性和先天遺傳性。