腎動脈部分閉塞無腎功能明顯變化時，很少診斷為血栓栓塞性腎臟疾病，因為其他病因更常見。嚴重創傷后的急性腎衰的鑒別診斷包括橫紋肌溶解，膿毒癥和長時間低血壓。
腎動脈閉塞的明確診斷通常靠腎動脈造影，但靜脈注射造影劑螺旋形CT同樣敏感和特異。放射性核素腎臟造影中腎血流減少，或在有嚴重血栓栓塞性疾病一側可血流缺如。盡管腎臟造影是非侵襲性的，但對手術目的影像質量不滿意。雙多普勒超聲檢查法也很敏感和特異，但較耗費時間且高度依賴操作者的專業技能。磁共振的價值不肯定。心房顫動，近期心機梗死或創傷或過去有栓塞發作的病史;癥狀和體征，患側完全缺乏排泄功能和正常的集合系統是腎梗阻的有力證據。因輸尿管阻塞而致的排泄受損需要其他檢查，如超聲檢查或排泄性尿路造影。
腎動脈部分閉塞無腎功能明顯變化時，很少診斷為血栓栓塞性腎臟疾病，因為其他病因更常見。嚴重創傷后的急性腎衰的鑒別診斷包括橫紋肌溶解，膿毒癥和長時間低血壓。主動脈瘤或嚴重動脈粥樣硬化的病人中，較急性腎動脈血栓形成更多的是動脈粥樣栓塞性腎臟損害。因為這些情況治療不同，迅速診斷(最有效的是通過腎臟影像)是必要的，以保護盡可能多的腎實質。