病程發展緩慢，預后不定?？梢苑€定多年不變，但一旦出現癥狀則可以逐步惡化。猝死與心力衰竭為主要的死亡原因。猝死多見于兒童及年輕人，其出現和體力活動有關，與有無癥狀或有否梗阻有關，心室壁肌厚程度高，有猝死家族史，有持續性室性心動過速者為猝死的危險因子，猝死的可能機制包括快速室性心律失常，竇房結病變與心傳導障礙，心肌缺血，舒張功能障礙，低血壓，以前二者最重要。心房顫動的發生可以促進心力衰竭。少數患者有感染性心內膜炎或栓塞等并發癥。
肥厚型心肌病有家族遺傳傾向，故有該病的家族史者應注意定期到醫院檢查。如出現氣促、乏力、心前區疼痛、暈厥，宜盡早到醫院接受就診。對確診為肥厚型心肌病的患者，宜避免勞累，預防呼吸道感染，戒絕煙酒，保持良好心境，定期到醫院復查，保護或改善心功能，提高生活質量。多數患者經治療，病程可維持數十年，預后尚好。不宜參加劇烈體育運動，以免發生猝死等意外。如出現嚴重呼吸困難，平臥時加重，大汗淋漓，可能為嚴重心功能不全，應讓病人取坐位或半坐臥位，向醫療急救中心打電話求助或以最安全、平穩、快速的交通工具送往附近醫院。