分疫源地消毒和預防性消毒兩種。疫源地消毒是指有傳染源(病者或病原攜帶者)存在的地區，進行消毒，以免病原體外傳。預防性消毒是指未發現傳染源情況下，對可能被病原體污染的物品、場所和人體進行消毒措施。如公共場所消毒，運輸工具消毒，飲水及餐具消毒，飯前便后洗手均屬之。醫院中手術室消毒，免疫受損嚴重的病人，如骨髓移植病人預防性隔離及消毒措施亦為預防性消毒。 疫源地消毒又分為隨時消毒和終末消毒二種。隨時消毒是指及時殺滅并消除由污染源排出的病原微生物而進行的隨時的消毒工作。終末消毒是指傳染源住院隔離，痊愈或死亡后，對其原居地點進行的徹底消毒，以期將傳染病所遺留的病原微生物徹底消滅。在醫院中傳染源停止隔離出院后，對物品及病房的消毒亦為終末消毒。