多數起病緩慢，病程較長。
典型臨床表現歸納如下
一、腹痛因病變常累及回盲部，故疼痛最常見于右下腹，觸診時可發現局限性壓痛點。疼痛亦可位于臍周，疼痛一般較輕，呈隱痛或鈍痛，亦有表現為間歇性疼痛，常于進餐時或餐后誘發。增生型腸結核并發腸梗阻時，腹痛主要為絞痛，并有腸梗阻的相應癥狀。
二、腹瀉與便秘腹瀉是潰瘍型腸結核的主要癥狀之一，這是因腸曲炎癥和潰瘍的刺激，使腸蠕動加速、排空過快以及繼發性吸收不良所致。
排便一般每日2-4次，多為糊狀便，輕者僅含少量粘液，嚴重者腹瀉可每日多達10余次，便中有粘液及膿液，血便較少見。此外還可間有便秘，糞便呈羊糞狀，或腹瀉一便秘交替出現。
三、腹部腫塊主要見于增生型腸結核，腸壁局部增厚形成腫塊。當潰瘍型腸結核和周圍組織粘連，或并有腸系膜淋巴結核等，均可形成腫塊而被捫及。
腹塊常位于右下腹，中等硬度，可有輕壓痛。
四、全身癥狀潰瘍型腸結核常有結核毒血癥，如午后低熱、不規則熱，弛張熱或稽留熱，伴有盜汗，可有乏力、消瘦、貧血營養不良性水腫等癥狀和體征，并可有腸外結核特別是結核性腹膜炎、肺結核等有關表現，增殖型腸結核多無結核中毒癥狀，病程較長，全身情況較好。
典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。
下列幾點可做為診斷本病的依據
一、臨床表現有長期發熱、盜汗、腹痛、腹瀉(或便秘)的青壯年患者。
二、肺結核或其它腸外結核患者原病灶已好轉，但消化道癥狀和結核毒血癥狀反見加重者。
三、右下腹腫塊伴壓痛，或出現原因不明的不完全性腸梗阻表現者。
四、胃腸X線檢查回盲部有激惹、鋇劑充盈缺損或狹窄征象者。
對于疑有腸結核的患者，在初步排除相關的疾病后，仍難確診時，可給予抗結核藥物，治療兩周，觀察療效，以幫助診斷。