典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。下列幾點可做為診斷本病的依據。

　　一、臨床表現有長期發熱、盜汗、腹痛、腹瀉(或便秘)的青壯年患者。

　　二、肺結核或其它腸外結核患者原病灶已好轉，但消化道癥狀和結核毒血癥狀反見加重者。

　　三、右下腹腫塊伴壓痛，或出現原因不明的不完全性腸梗阻表現者。

　　四、胃腸X線檢查回盲部有激惹、鋇劑充盈缺損或狹窄征象者。

　　對于疑有腸結核的患者，在初步排除相關的疾病后，仍難確診時， 可給予抗結核藥物，治療兩周，觀察療效，以幫助診斷。

　　本病應與下列疾病相鑒別

　　一、克隆病

　　本病的臨床表現和X線征象與腸結核極為酷似，有時甚難鑒別，可借助下列幾點協助診斷。

　　①本病無肺結核或腸外結核病史;

　　②病程一般更長，不經抗結核治療可出現間斷緩解;

　　③糞便及其它體液及分泌物檢查無結核菌;

　　④X線檢查可見病變以回腸未端為主，有多段腸曲受累，并呈節段性分布;

　　⑤腸梗阻、糞瘺等并發癥較腸結核更為多見;

　　⑥切除病變腸段作病理檢查無干酪樣壞死，鏡檢與動物接種均無結核桿菌。

　　二、右側結腸癌

　　①本病發病年齡多為40歲以上中老年人;

　　②無長期低熱、盜汗等結核毒血癥及結核病史;

　　③病情進行性加重，消瘦、蒼白、無力等全身癥狀明顯;

　　④腹部腫塊開始出現時移動性稍大且無壓痛，但較腸結核腫塊表面堅硬，結節感明顯;

　　⑤X線檢查主要有鋇劑充盈缺損，病變局限，不累及回腸;

　　⑥腸梗阻較早、較多出現;

　　⑦纖維結腸鏡檢可窺見腫瘤，活檢常可確診。在臨床上結腸癌的發病率較腸結核為高。

　　三、阿米巴或血吸蟲病性肉芽腫

　　腸阿米巴或血吸蟲病可形成肉芽腫病變，在鑒別診斷上應注意。該類疾病無結核病史，膿血便較常見，糞便中發現有關的病原體，直腸及結腸鏡常可證實診斷，相應的特異性治療有效。

　　四、其他疾病

　　除上述疾病外，腸結核尚應與下列疾病鑒別：以腹痛、腹瀉為主要表現者應與腹型淋巴瘤、腸放線菌病相鑒別;以急性右下腹劇痛為主要表現者應注意避免誤診為急性闌尾炎;以慢性腹痛牽扯上腹部者易與消化性潰瘍、慢性膽囊炎混淆;有稽留高熱者需排除傷寒。