對于孤立性肝囊腫除非發生囊腫破裂、囊蒂扭轉或囊內出血等并發癥，進行緊急手術治療外，擇期手術需要根據囊腫的大小、部位和病人的全身情況和自覺癥狀而定。體檢中偶爾發現的無癥狀的孤立性肝囊腫可以暫時采用保守治療，利用超聲檢查定期觀察，需要警惕惡變的的發生。大的肝囊腫有癥狀出現者最好施行手術治療，因為穿刺抽液等保守療法一般容易復發，并且帶來細菌污染可能。多囊肝通常應采取非手術治療，由于其病變累及整個肝臟，除非采用肝移植，否則不能根治本病。然而，多囊肝一旦由于肝腫大壓迫胸腹部影響呼吸循環時，需考慮手術減輕壓力。可根據具體條件用以下手術方法：
1.肝切除術;
2.囊腫切除術;
3.囊腫開窗術或囊腫大部切除術;
4.囊腫內引流術;
5.囊腫穿刺抽液及硬化術。