肛瘺內口是原發病灶部位，定位不清必然造成治療上失敗，因為切除或切開內口是治愈肛瘺的關鍵。尋找和確定的肛瘺內口的方法有：
(一)肛鏡檢查 直視下看到齒線全部，內口常在紅腫發炎的肛瘺，有分泌物，對可疑的肛隱窩可用銀質園頭探針探入。
(二)探針檢查 先于肛門內插入手指，用銀質園頭探針，由外口沿管道向腸腔方向輕輕探入，完全性肛瘺，腸腔內手指在齒線附近可摸到探針確定內口，探時切忌盲目用力，免成假道，使感染擴散。
(三)染色檢查 將干紗布放入直腸內，將美蘭1～2ml由外口徐徐注入，然后拉出紗布，如有染色，即證明有內口存在。
(四)手術檢查 切開瘺道，沿瘺道尋找內口，一般容易找到。