健康的甲不易受感染。甲感染真菌的趨向可能與遺傳、糖尿并局部動靜脈 循環和淋巴回流障礙、周圍神經性疾病等因素有關。在潮濕環境作業及經常受外傷的指趾甲容易被真菌感染。趾甲真菌病大多由足癬直接傳播，指甲真菌病則可能從手癬傳播或由經常抓足而感染，甲真菌病在足趾比手指更多見。甲真菌病的病原菌包括皮膚癬菌、酵母菌和霉菌。皮膚癬菌最常見為紅色毛癬菌、須癬毛癬菌和絮狀表皮癬菌。同一甲可感染兩種癬菌、兩種皮膚癬菌加一種酵母菌(包括馬拉色菌)或皮膚癬菌加酵母菌和霉菌等。
甲癬常由紅色毛癬菌、石膏樣毛癬菌、絮狀表皮毛癬菌等引起。其他如許蘭氏毛癬菌、紫色毛癬菌、斷發毛癬菌、玫瑰色毛癬菌、同心性毛癬菌都可引起甲癬。真菌性白甲常由石膏樣毛癬菌引起，偶爾也可以由頭孢子菌、鐮刀菌及土色曲霉等引起。
甲真菌病多由其他絲狀真菌、酵母樣菌及酵母菌等引起。大多見于營養不良的指(趾)甲。現已肯定白念珠菌及短帚霉菌可致甲真菌病。近年來，發現擬平滑念珠菌等也常可致甲真菌病。