引起不孕不育的病因有許多，除了生殖、內分泌異常及生殖器官異常可導致不孕外，一些全身性疾病也可致不孕。最常見的是內分泌及代謝方面的疾病，如甲狀腺機能亢進、甲狀腺機能減退、腎上腺皮質功能異常、糖尿病及肥胖癥等。
肥胖癥
肥胖是指由于能量攝入和消耗之間平衡失調，多余的能量以脂肪的形式在體內聚積造成體重增加，體重超過理想體重的20%或體重指數(BMI)>26者。隨著現代化生產水平及人們生活水平的提高，尤其在發達國家，肥胖的發病率越來越高，并且與糖尿病、冠狀動脈粥樣硬化性心臟病、心血管疾病、高血壓、高脂血癥等病的發病密切相關。肥胖癥還可導致卵巢功能異常、子宮發育不良、不孕癥、性機能異常及外陰、陰道炎等婦科疾患。已經證實肥胖癥患者不孕的發生率明顯高于體重正常者。
甲狀腺功能障礙
甲狀腺功能障礙可引起雌激素代謝障礙、FSH及LH分泌異常，常表現為明顯的卵巢機能不全而很少妊娠。目前對于甲狀腺機能異常導致不孕的病理機制尚無足夠的認識，可能與下列因素有關：
1、卵巢功能異常
臨床研究表明，甲狀腺機能低下的患者促性腺激素的分泌呈脈沖式，但基線水平較正常者高，從而影響了排卵。部分患者雖然體內雌激素水平正常，有正常的或近似正常的月經周期，仍存在不孕，可能因垂體促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦會造成不排卵。
2、自身免疫
甲狀腺機能障礙伴不孕患者中甲狀腺抗體陽性者所占比例較高，說明該類不孕可能與自身免疫功能異常有關。
3、代謝異常
在甲狀腺機能減退的患者常因代謝功能低下而導致肥胖，從而增加了不孕的發病率。
4、影響子宮發育
動物實驗研究了甲狀腺機能低下的大鼠子宮結構，發現子宮內膜減少，肌層變薄、宮角體積減少。
糖尿病
糖尿病可致糖、脂肪、蛋白質等體內多種物質代謝功能紊亂，女性患者常同時伴有不孕及月經紊亂，或妊娠后發生死胎、早產或巨大胎兒。糖尿病造成女性不孕的病因現在還不清楚。