西醫治療前列腺囊腫的常規方法有藥物治療、引流穿刺、理療。首先給予退燒藥、止痛藥物，包括口服或肌肉注射，必要時補充液體，以緩解其癥狀。 根據細菌培養結果選擇敏感的抗菌素，消滅或抑制病原菌。來不及或不具備進行細菌培養情況下可首選廣譜抗菌素。所謂廣譜抗菌素即對大多數細菌都有一定療效的藥物，如頭孢類、喹諾酮類藥物。具體地講如先鋒霉素、凱福隆、西力欣、可樂必妥、環丙沙星之類，以上都是作用較好的藥物。患者能進食者盡量選用口服藥，必要時還應選用靜脈或肌肉注射途徑給藥。 對于尿痛明顯的患者可用解痙劑如顛茄、普魯本辛、泌尿靈之類藥物，也可用些鎮靜劑如安定，口服或注射，用以緩解癥狀。
囊腫近尿道膀胱或突入膀胱用經膀胱手術切除或經尿道電切，去除大部分囊腫頂部使其充分引流.YEUNG等于2001年首先報道腹腔鏡手術治療前列腺囊腫，效果良好。腹腔鏡切除前列腺囊腫具有組織顯露清楚、手術時間短、不易損傷盆腔組織、創傷小、不造瘺、出血少等優點，是治療向尿道后方及膀胱頸突起的前列腺囊腫的首選方法;對于近尿道或突入膀胱的囊腫，經尿道電切除囊腫則是手術最佳途徑，但是對于年輕患者，保留精阜對正常射精至關重要。
當患者持續高燒不退，尿路癥狀無明顯改善，尿道溢膿，大便不暢時，應考慮前列腺囊腫的可能，借助B超等檢查確診后行膿腫切開引流或穿刺引流治療。只有當膿腫徹底消滅之后，以上癥狀才會緩解。